1939年冬，于敏被调到鲁艺研究科担任科长，他身兼戏剧系教员，阅读了大量书籍以确保不辱使命。为准备党的“七大”，他到延安各文化单位遍寻材料。1942年，他参加了延安文艺座谈会，渐渐打通了思想。抗战胜利后，他随干部队伍返回山东，到山东省教育厅报到。
进鲁艺授课做研究
为“七大”遍寻材料
　　1939年冬，王滨和田方被调到鲁艺。翌年春，鲁艺分出文学、美术、戏剧、音乐四个部，其中戏剧部下属戏剧系和实验剧团，田、王分任剧团的正副团长。二人刚展开拳脚，便想到了于敏，硬是把他拽进来，做了研究科（剧团下设研究、演出、总务三科）的科长。这一年，鲁迅艺术学院改名为鲁迅艺术文学院。
　　于敏的研究科分管全团的政治学习和业务学习。在业务学习方面，于敏身兼戏剧系教员，教文学欣赏。为不辱使命，他拼命阅读了不少书籍。遗憾的是，鲁艺图书馆存书有限，在被日军和国民党严密封锁的条件下，进书几乎是不可能的，于敏只好各处搜求。意外的是，在杨家岭图书馆居然找到了《金瓶梅词话》。那些中外名著和文艺理论大大开阔了他的视野。那段时间，他较为系统地研究了高尔基。高尔基关于写工人、农民的劳动和生活，有完美的艺术表现，使之成为文学的新主人，以及文学创作是理解生活和表现生活的统一过程的论述，给他以醍醐灌顶的启示，让他终生受益。
　　尤令于敏难忘的，是为了准备党的“七大”，党中央需要大量参考材料，包括政、军、经、教、文各方面。这是全国性的，涵盖各抗日根据地和国民党统治区。收集和整理全国抗战演戏材料的任务落到了鲁艺戏剧部。为此，于敏跑遍延安各有关文化单位，搜求全国的戏剧刊物和有关报刊，“钻”遍了每个角落。这些材料都是孤本，不能剪贴，只能抄录，所以他只能“伴油灯、迎朝阳”地苦干了一个多月，终于将材料分门别类，成册地呈交上去。
出席延安文艺座谈会 思想觉悟跃上新高度
　　1942年春天，于敏得了肺结核病，只得进干部疗养所治疗。没有药物，只是伙食有所改善。改善也得自己动手，疗养人员每人养一只鸡，靠它下蛋补身体。
　　5月2日上午，他刚从疗养所回到鲁艺，恰逢校长周扬从山上下来，通知他下午到杨家岭去参加延安文艺座谈会。那时他还不清楚，这是延安文艺整风的开始，而且是与全党整风结合进行的。
　　当时文艺界有大小四个“山头”，大的是鲁迅艺术文学院和文艺界抗敌协会，小的是青年艺术剧团和民众剧团。于敏和王滨、田方都是鲁艺的正式代表。中央负责同志参加会议的，有毛泽东、朱德、徐特立、张闻天、秦邦宪、何凯丰等。当毛主席步入会场时全体起立。主席绕场一周，和大家一一握手。于敏近距离看到，这位伟人的棉衣肘弯处已经磨破，露出了棉絮，他一时感动得发抖。这个镜头永远“定格”在他的脑海里。
　　晚年的于敏重温毛泽东《在延安文艺座谈会上的讲话》，归纳出八个方面的问题（关系）：一是文艺事业与革命事业的关系，二是文艺工作者与人民群众的关系，三是文艺创作与生活源泉的关系，四是普及与提高的关系，五是创作与借鉴的关系，六是世界观与创作方法的问题，七是政治标准与艺术标准的问题，八是文艺界的团结与统一战线的关系。他在阐述这些“关系”之后，以亲身体会讲到思想改造的重要性和必要性。他说，毛主席的讲话有些是很尖锐的，譬如“小资产阶级出身的人总是经过各种方法，也经过文学艺术的方法，顽强地表现他们自己……无产阶级是不能迁就你们的。依了你们，实际上就是依了大地主大资产阶级，就有亡党亡国的危险”。后来经过文艺整风，于敏的思想才渐渐通了。事实上这是“洗涤灵魂”的开始。从“亭子间”走出的人，都要经过“脱胎换骨”的过程。
延安中学执教鞭
抗战胜利回山东
　　延安文艺座谈会标志着文艺新天地的开始。曾因“关门提高”而受到毛泽东不点名批评的鲁艺，校门哗然大开，师生们走向新群众、新生活，大多数人打起背包深入到农村，拜民间艺人为师。于敏缺乏歌舞音乐方面的特长，就被调入延安中学，做三年级第一班的班主任兼语文教员。班里学生多半是高干子弟，不好管理。于敏感到肩头责任太重，然而还有更愁的：所有课程都没有现成教材，教员皆需“现蒸现卖”。不过所有的“愁点”后来都被克服了。于敏是很称职的教师，得到副校长兼教导主任何利的赏识，被擢升为教导处副主任。
　　于敏在延安中学工作了一年多。1945年8月15日，“日本投降”的消息传到鲁艺，师生们在校园里围着篝火狂欢歌舞。这时总支书记宋侃夫走向于敏，握着他的手祝贺：“你们不久就可以回上海工作了！”事实证明，“双十协定”就是空文，蒋介石故作“和平”姿态，只为争取时间。当此关键时刻，东北成为国共两军必争之地。于是成队的延安干部轻装上路。大家兴奋地叫嚷着：“吃了八年小米，如今要去吃白山黑水的高粱米了！”
　　三个月后，以周扬为首的鲁艺几乎走空了。王滨已回老家山东，到烟台找姚仲明（时为烟台市市长）办摄影队。于敏也决意回老家。1946年6月，中央组织部组成约40人的干部队，派往山东。于敏只带随身衣物，随队踏上了漫漫征程。
　　那时华东局和山东省政府机关设在临沂。从延安到临沂，若走直线，徒步不过一个月，但因晋冀鲁根据地尚未连成一片，只得绕大圈子。于敏这支干部队伍从离石南下，经汾阳、介休、襄垣、黎城、陟县、武安，北折经河北的邯郸，然后经山东的菏泽、巨野、济宁、滕县、费县，一路行军40多天，方才到达临沂。其间过太行山时，队员们豪情万丈，放声高歌《我们在太行山上》。于敏乘兴做了一首五言诗：“太行多高峰，涧谷喜纵横。林深飞鸟急，石坚马蹄轻。松风疑狂雨，云驰任西东。负贩知苦乐，树下枕曲肱。”