尝尽流浪之苦的马萧萧，即将开启诗人之路的时候，“文化大革命”开始了，他受到不公正对待，下放团中央在河南的“五七干校”，与妻儿被迫分离。艰难的日子里，与母亲同住的唯一的妹妹去世，他把母亲接到干校尽孝。
　　出版长篇叙事诗
　　因历史问题被审查
　　马萧萧工作期间，心里一直惦记着创作，他要挤时间完成只有开头没有结果的长诗创作。
　　原来，在1947年的时候，马萧萧以叙述诗的形式写故乡庵上牌坊，断断续续写了100多行后搁笔，一放就是10年。1957年拾起重写，1959年5月写完并投到《延河》，7月刊出，引起震动。
　　《延河》编辑部专门开了研讨会。马萧萧从此发现了自己的真正所长：“擅古诗词又善于抒情。”在连襟、作家杜鹏程建议下，继续深挖，改写了长篇叙述诗《石牌坊的传说》，自己设计题花和插图，由中国青年出版社出版发行。
　　然而，正当历尽流浪之苦的马萧萧向着诗人迈开步子之际，“文化大革命”开始了。团中央成立了工作队，调马萧萧为工作队成员，大家被分派到北京的各个中学。接着又风云突变，工作队执行的路线有问题被解散，马萧萧回出版社接受批判。由于他在青年时期参加过“青年远征军”，被抓住了“小辫子”，扣了一堆大帽子，还关进了小黑屋接受审查、隔离反省。那一段时间，凡有历史问题的都普遍受到这个待遇。
　　谭铸新是马萧萧在“青年远征军”的战友，他“弃暗投明”走上革命道路，是受马萧萧指引和影响的。1949年10月，谭铸新随王震将军进新疆。他在苏联留过学，给自治区党委第一书记王恩茂当过秘书。“文化大革命时期”，担任新疆八一钢铁总厂厂长兼总工程师。因为“青年远征军”的历史问题，新疆来了调查材料的人员，找到被关押反省的马萧萧，要他证明谭铸新任过“青年远征军”政治指导员。马萧萧秉性朴实，自然拒绝。调查者威逼诱迫，没完没了，从下午2时一直逼供至5时多。追问：“你说指导员不是谭铸新，那是谁？”马萧萧急了，说：“是我，是我还不行吗？”新疆的来人只得悻悻离去。但是马萧萧这边却麻烦大了。大字报贴出来：“最新成果，挖出了一个历史反革命分子，国民党上尉政治指导员——马振。”
　　自此之后每一次开大会，都要将马萧萧押上场折磨一番。马萧萧一言不发，一次左胳膊被扭断，再也伸不直了。
　　
　　发配到“五七干校”
　　被迫与妻儿离别
　　1970年，马萧萧被下放到河南潢川县黄湖农场的团中央“五七干校”，接受劳动锻炼和思想改造。白日被监督劳动，晚上被“斗争批判”，煎熬过活。
　　马萧萧被劳改后，妻子一个人带着三个未成年的孩子度日，妻子被迫与他离婚，两子一女都随了母亲姓张。
　　马萧萧在逆境与痛苦中“别妻离子”，他填了一首《忆秦娥》词，词中有“杏子如豆，槐花似雪”，听他解释说：“杏子是指当时我的三个孩子，像枝头的青杏一样，都未成年，过早走上社会；槐花说我，刚过50岁头发就全白了。”
　　
　　妹妹因病去世
　　千里背母尽孝
　　1974年，马萧萧在济南的妹妹马德蓉因脑溢血过世，跟她一起生活的老母亲悲伤过度病倒。妹夫准备续弦，母亲只有另行安排。
　　马萧萧唯一的妹妹马德蓉，1960年时被诬为“历史反革命”，服刑十年。这是一桩滑天下之大稽的错案：马德蓉的名字与真正的反革命分子只有一字之差，那人早已移居国外，因找不到本人，就将名字近似的马德蓉逮捕，入狱10年。后期，马德蓉接到平反通知，兴奋过度，突发脑溢血故去。
　　马萧萧找干校领导言明实情，领导答应他去把母亲接来，带着母亲在干校改造。
　　时年53岁的马萧萧多年没和母亲一起生活了，心情激动，批假当天就乘坐火车去济南。当走到妹妹家住的胡同口，就发现一位鬓发斑白的老太太步履蹒跚朝他走来。马萧萧看清楚了，就是自己的母亲。他跑上去，喊了一声“娘”，就哽咽得说不出话来。母子抱在一起，眼泪簌簌而下。
　　由于假期很短，第二天就启程了。一路倒车，上来下去，一个50多岁的枯瘦小老头，背着80多岁的母亲，汗流满面，两腿发颤。
　　1975年，团中央干校与中组部干校合并迁河北固安，不允许带家属，带着老母亲的马萧萧抓了瞎。还是领导有办法，作为特殊情况处理。让马萧萧申请事假，回北京的原单位烧锅炉，继续监督劳动，顺便可以带着母亲一起生活。
　　马萧萧母子俩回京后没有住处，就把锅炉房旁、原是理发室的小房子打扫一下暂住。住在出版社修改作品的作家们常到锅炉房去打水，大家都趁机去看望马萧萧及其老母亲。
　　如诗人公刘、刘章等就偷偷去过多次。还有些同志去请马萧萧指导诗词。这里比“五七干校”的生活条件好多了。于是马萧萧着手创作修改长诗《翠笛引》，并在1976到1979年间修改完毕。这是继《石牌坊的传说》之后马萧萧的第二部长篇叙事诗。
　　1976年，老母亲病重，没钱送医院，马萧萧昼夜守在跟前。母亲辞世那天夜里，马萧萧握着母亲的手睡着了，他醒来，91岁的母亲却没有醒来。
　　2000年，马萧萧曾对新认识的好友、安丘老乡韩琦说起过当年这一幕：“俺娘临终前给我做了一件新棉袄。60多岁的儿子，穿着90多岁的母亲做的棉袄，够幸福了！”说到这里时他破涕为笑。
　　20世纪80年代，马萧萧凭记忆为故去的母亲画了一幅穿针引线做棉袄的画像，并配唐代孟郊的《游子吟》。