解放战争期间，马萧萧赴西北，得遇黄胄，两人成为益友。马萧萧在西北农学院续读时接触到了共产党地下组织，成为一名党员。不久在党的安排下离校转入解放区，他跟随解放军行军打仗。西安解放，他调入西北局青委，从事文化宣传工作。
　　奔赴西北结识黄胄
　　真心佩服调整爱好
　　1946年秋，马萧萧与同伴离开南京，先到陕西西安找到安丘中学的同学曹林斋。曹林斋的弟弟曹汶是黄胄的同学，马萧萧由此结识了同样倾向革命的黄胄，两人很谈得来。
　　当时黄胄仅21岁，就在西安东大街创办了艺术刊物《雍华》。黄胄说，“雍”取自西安的古称雍州，“华”是华山。黄胄的编辑部令马萧萧吃惊：墙上贴的，桌子与床上放的，全是黄胄的速写，准确而生动，洋溢着强烈的活力与情感。
　　马萧萧走遍大江南北，见过不少青年画家，但从未像对黄胄那样佩服过。他心想：“一辈子也画不过黄胄。”虽然自己年长黄胄4岁，但在绘画艺术上黄胄是老师级别。马萧萧通过再次审视自己，决定今后不再把美术作为主业，而是当业余爱好，自己还是全力发展写诗的强项，积极参与进步活动。
　　续读农学院
　　加入党组织
　　确定目标后，马萧萧再次前往两次因战争原因没有读完的西北农学院森林系续读，农学院将他插入大三。没多久，马萧萧在学院接触到地下党梁得柱后，汇报了加入国民党和国民党军队的经历，得到了上级党组织的谅解和认可，成为一名中共预备党员。
　　党组织对马萧萧的第一次考验，是指示他组织参加西北农学院、西北工学院、西北大学联合举行的“反内战、反饥饿”学生运动。马萧萧打入几所大学内部，仔细而慎重地了解学生中的组织和骨干，发现进步同学就向党组织推荐，共拟了200多人，分为“坚定者”“进步者”“可争取者”三类，逐批送到延安。1948年2月，上级党组织批准他为正式党员。
　　1948年4月，彭德怀率西北野战军在陕西省西部和甘肃省东部地区对国民党军进行作战，当地反动势力裹挟部分学生逃往西安。马萧萧作为负责人率进步学生，按地下党要求留下护校，并随时准备迎接解放军进驻。不料，解放军未进农学院而西下宝鸡，胡宗南部队又反扑回来，党组织感到马萧萧等五个学生领袖暴露，于是让他们离校转入解放区。因战事激烈，地下交通线中断，五人边跑边打听解放军的驻地。从早上一直跑到天快黑了，才找到解放军。他们被送到王震为司令的一野二纵队第六旅政治部，此后，随着六旅政治部行军，边战斗、边学习、边宣传。马萧萧赋诗纪念这一时刻：“从蒋介石的魔窟跑出来，跑到解放军的队伍里，像孩子找见了母亲，心里交织着仇恨和欢喜……”
　　
　　爱艺术不喜从政
　　自荐筹办出版社
　　随六旅行军打仗的路上，马萧萧结识了一野政治部的木刻家杨青。5月，延安收复，延安大学招生，马萧萧由一野政治部介绍，进入延安大学，毕业后留校工作。这时认识了西北著名画家石鲁，一下又唤起了马萧萧的美术爱好。他画了一幅表现关中风情的《走亲戚》，石鲁见了很赞赏，鼓励他创作年画。不久，马萧萧画了年画《支援前线》，经西北野战军批准，在延安套色石印出版发行。
　　1949年3月，马萧萧作为西北学生代表团成员，到北平参加了中华全国学生第14届代表大会。会址设在北平艺专（中央美院)大礼堂。会间，马萧萧向美专学生代表钱绍武打听老师徐悲鸿的住处，钱绍武领着他来到住在受禄街的徐悲鸿家。当时徐悲鸿心脏病复发，躺在帆布躺椅上。师生相见十分高兴，徐悲鸿详细询问了马萧萧别后的情况，对延安美术界的状况问得更仔细——当听到马萧萧在石鲁指导下创作了新年画，开心地笑了起来。他语重心长地说：“《毛主席在延安文艺座谈会上的讲话》说得好极了，延安的艺术家很了不起，最近又看了歌剧《白毛女》，非常感人！我们也要向他们学习。”徐悲鸿纪念馆里，陈列着徐老先生躺的那张帆布躺椅。后来马萧萧每次进馆，看到这张躺椅就热泪盈眶。
　　1949年5月，西安解放。马萧萧调入中共中央西北局青委，随机关由延安转入西安，担任青年团西北工作委员会秘书兼宣传科长。
　　一野政治部创办的《战士画报》负责人正是杨青，他要求马萧萧为画报聘请一位优秀画家画插画。马萧萧当即推荐了黄胄。此后，黄胄为《战士画报》画了很多插画，成为上至将军下到士兵都喜爱的画家。
　　1952年，石鲁力主调马萧萧到西安美协工作，但未获得批准。马萧萧被调往北京共青团中央，任书记处一位书记的秘书。马萧萧因为秘书工作繁忙，已经很少绘画、作诗。
　　马萧萧喜欢文化，不想从政。1955年10月，闻得团中央筹建“中国少年儿童出版社”，马萧萧两次要求前去筹建，看他决心大，领导就批准了。
　　马萧萧担任中国少年儿童出版社筹备组长，工作到1956年6月，出版社正式成立。叶圣陶之子叶至善为社长，马萧萧任文学部主任。
　　1958年，因中国青年出版社的美术编辑室主任邢舜田被打成“右派”，团中央调马萧萧接任，于是他又负责了中青社的美编。
　　在主持“中少儿”与“中青”出版社美编期间，他提出少年儿童读物以及青年读物文学作品必须在第一次出版时就有精美插图。他以中国青年出版社文学部主任的身份联络张天翼、冰心、老舍、严文井、柯岩、乔羽等作家撰稿。以美术编辑的身份恭请司徒乔、叶浅予、华君武、黄永玉，以及他在陕西结交的黄胄等为之插图。马萧萧巧做安排，他把梁斌的《红旗谱》交给黄胄，梁斌是黄胄的堂哥，黄胄自然不敢有半点敷衍。为了《红岩》插图，马萧萧亲自前往重庆，约请四川的版画家创作了木刻插图……
　　马萧萧约请的少年儿童读物插图阵容更为强大：华君武、黄永玉、米谷、张光宇、张仃、华三川、吴文渊、杨永清、沈培……中国少年儿童出版社建社第一年即出版了100多部优秀书籍。这个时期，该社所出的图书皆有名家插图，并且数量密集，至今仍为藏书人喜爱。