杨玉堂积劳成疾，患上怔忡疾，升任潼川府知府后，在剿灭白莲教时力主查明真实情况，不愿用百姓的性命交差。在杨玉堂的努力下，只有潼川得以保全。他奉命前往夔州驻守，并督办粮台，主动将自己与下属及同僚的工钱、饮食均由养廉银中支出，不染公款一分一毫。
再任绵州积劳成疾 为官潼川保境安民
　　道光二十九年（1849）四月，俞知府到任，上司因为杨玉堂熟悉嘉定情况，仍让其协助处理夷务。九月下旬，杨玉堂回到绵州任上，不久请求皇帝询问、接见（任命程序之一）。道光三十年（1850），从京城回到四川，二月回到绵州。
　　杨玉堂平时遇到复杂案件时都会心神不宁，徘徊不定，反复思考、推理，以致废寝忘食；又加五年边防，两年嘉定，无论是清理积案，还是督办夷务，经常夜以继日，导致心血亏损，患上了怔忡疾（心悸）。这年春，朝廷令督抚举荐官员，总督已将杨玉堂列入举荐名单，并写有“守洁、才裕、安详、老练”的推荐语。守洁，即能保持廉洁的操守；才裕，是说他才能充裕，能堪大任；安详，指他遇事从容、稳重；老练，则是说他为官经验丰富，办事老道。杨玉堂想到从政十余年，一半时间为夷人耗损心血，怔忡时常复发，力不从心，心生退意，于是请道员马艺林代为辞请，但是没有批准。
　　道光三十年九月，杨玉堂升任潼川府知府。清代潼川府辖：三台、射洪、盐亭、中江、遂宁、蓬溪、乐至、安岳共八县，号称“巨郡”。前任知府因为浪费，导致公项亏损。所以这次上司坚决选任能够力行节俭，以身率下，廉明公正的官员。杨玉堂被选中。
　　杨玉堂一上任，凡是府衙陋规一律清除。咸丰元年（1851），咸丰帝登基特开辛亥恩科，杨玉堂被调任“内监试”（掌纠察阅卷事），结束后，仍回潼川。当时，各省奉旨剿灭白莲教，绵州有个叫“古精力”的人，平时以妖言惑众谋生，上司得知后，密令潼川、绵州各属县进行缉捕。刚开始查无踪影，官员为了交差，株连械斗百姓100多人。同僚、下属官员都认为特殊时期，事关重大，应该把这些人押送到省里进行审办，官员也可以免除责任。杨玉堂却悲伤地说：“彼案内连累甚多，苟非廉得其情，一概发解能保生还乎？我岂忍以民命迎洽上宪之意？”意思是：“这个案件连累的人太多了，如果不能查明真实情况，进行甄别，就把这些人一概上交，他们还能活着回来吗？我怎忍心用百姓的性命来向上级交差呢！”但是，最终他们也没有听从杨玉堂的建议。后来“古精力”从陕西回到绵州，被捉拿归案，案件才最终了结。此案，金堂县（属成都府）百姓被牵累的人最多，搞得全县人心惶惶。川西南一带，因搜查捕拿罪犯，兵差往来不断，达数月之久，搞得许多百姓倾家荡产，只有潼川得以保全，这都是杨玉堂的功劳。
　　明崇祯十年(1637)进士、官至明朝监察御史的寿光人魏琯，于清顺治二年(1645)归顺清廷。历任湖广道御史、大理寺卿、兵部督捕右侍郎等职。一生多与刑狱打交道，在处理案件中，他始终以“民命至重”作为自己的座右铭，他说：“法司盖以民命至重。”杨玉堂在“古精力”一案中，没有按照上级的意思办事，没有按照同僚的意见妥协，虽无力改变，仍尽全力保境安民，这正是因为他认为“民命至重”，把百姓的性命、利益放在首位。这种思想体现在他赈灾、平乱、处理诉讼等方方面面，也正因此，许多无辜百姓得以活命。
驻守夔州督办粮饷
不染公款一分一毫
　　咸丰二年（1852）六月大雨，涪水泛滥成灾，沿岸房屋田地被淹没，杨玉堂带头捐钱救济灾民，百姓生还者无数。咸丰三年（1853）正月，太平军攻陷武昌，逼近四川。上司想要找一个有智谋，且老练、熟悉边防事务的人。于是令杨玉堂前往夔州驻守，并督办粮台。夔州的地理位置十分重要，夔门，就位于府治奉节县城东侧，地势如两扇门，有“锁镇全川之水，扼巴蜀之咽喉”之称，是古代东入蜀道的重要关隘。明末，张献忠率领的大西军，就是从武昌逆流而上进入夔州，进而占据四川全省的。所谓粮台，是清军战时的后勤保障机构。粮台既要保证粮饷军火的供给不断，又要使前线与朝廷声气相通，事关重大。
　　杨玉堂二月到任，蒋少园、毛小梧两位县令跟随前往。杨玉堂令蒋少园筹划于内，负责支销登记等事项；派毛小梧前往前线各隘口勘察形势，自己则总揽全局，随时调度。四月，因太平军占据金陵，暂无意西进，防军陆续撤守，杨玉堂奉令暂代夔州知府，五月卸职。六月下旬回省交差。
　　这次驻防，杨玉堂深知督办粮饷责任重大，且容易滋生弊病。他主动将自己与下属以及蒋少园、毛小梧两位县令与下属的工钱、饮食均由养廉银中支出，不染公款一分一毫。公款支销费用全部造册登记，交上级核查。杨玉堂在《邮筒草》中曾多次向同僚谈及此事。他之所以这样做：一是因为当时经费短缺，容不得半点虚假。二是只有自己以身作则，以身率下，才能杜绝下属官员需索。三是自己的费用自己解决，不仅可以减轻军费负担，也避免其他官员猜忌。驻防四个月，他与蒋、毛两县令，分工合作，勠力同心，虽然支销纷繁复杂，但仍有条不紊，顺利完成了工作。而且士兵守法，没有扰民的事情发生。交差后，因为旧病复发，于是杨玉堂再次请辞，上司没有批准，复任绵州知州。
　　督办粮饷，本是近水楼台，廉洁奉公已是难得。杨玉堂则以大局为重，连自己与下属的费用都自己解决，公是公、私是私，泾渭分明，其廉洁奉公可见一斑。